灰指甲又称甲癣主要是由于真菌感染引起的，通常与灰指甲病易混淆的甲病主要有：全身性疾病、营养性疾病、遗传性疾病或药物可以引起种种甲的改变。如甲色泽的改变（变白、变暗、色素沉着、淡蓝色、黄色等），甲外形的改变（有横沟、发育不良、甲板过厚或过薄、过大或过小、变脆或与甲床剥离等），这些改变有时误被认为是灰指甲，但是这些甲病有一个共同的特点，即全部指（趾）甲都发生病变，而且同步进行，就是说上述内因对甲的影响是同时发生的。而灰指甲是由外因引起，真菌对甲板的感染是陆续传染的，有时见到的多个甲发生癣症，但却先后出现，并仍可能有一些指甲有效正常，这在内因性甲病中是见不到的。
皮肤病引起的甲病变。如银屑病、皮炎湿疹、扁平苔藓等也可引起甲板增厚、变形、有凹点或纵嵴等，这些疾病一般同时有相应的皮肤病症可协助诊断。
细菌感染。绿脓杆菌感染可绿甲而类似青霉菌等霉菌感染。细菌性甲沟炎及其甲病变可与念珠菌引起者相似，但前者均有明显的红肿热痛等急性炎症，并可出现脓液，这是后者没有的。